До патриарха Никона Русская православная церковь жила в мире и покое.
15 (25) апреля 1652 года умер патриарх Иосиф.
25 июля (4 августа) 1652 года митрополит Никон был торжественно возведён на престол патриархов Московских и Всероссийских. Во время интронизации Никон вынудил царя Алексея Михайловича дать обещание не вмешиваться в дела Церкви. Царь и народ поклялись «послушати его во всѣм, яко начальника и пастыря и отца краснѣйшаго».
Перед Великим постом 1653 года Никон предписал совершать крестное зна́мение тремя перстами, что противоречило актам Поместного Стоглавого Собора 1551 года, закрепившим двоеперстие.
Никон продолжил реформу, собирая соборы. Собор 1654 года положил начало делу унификации московских книг по греческим книгам, напечатанным в XVI веке на Западе. Определения этого Собора были рассмотрены и согласованы на Константинопольском Соборе того же года под председательством Патриарха Паисия. При этом решение поместного Московского Cобора 1656 года, на котором всех, крестящихся двумя перстами, объявили еретиками и предали анафеме, противоречили ему. Поспешная анафема собора 1656 года на всех крестящихся двумя перстами, впоследствии отменённая Поместным собором РПЦ 1971 года, и стала главнейшей причиною Раскола XVII века.
Укоренённость как в народе, так и среди значительной части священства мнения о «превосходстве» русского благочестия над греческим, а московского – над киевским, которая появилась в Северо-Восточной Руси после подписания греками Флорентийской унии с католиками, падения Константинополя, ополячивания Литвы и покорения Литвою Киева, а также резкость самих реформаторов привели к расколу Русской церкви на сторонников Никона («никониан») и его противников старообрядцев, одним из лидеров которых стал протопоп Аввакум.
Гонения на старообрядцев не прекратились после исторжения патриарха Никона из сана. Никон стал простым монахом в 1666 году, но реформы продолжались, а гонения на старообрядцев усиливались.
На гонения со стороны властей староверы ответили массовыми самосожжениями. При приближении ответственных лиц, которые должны были разогнать беззаконную религиозную общину, староверы закрывались в доме и совершали поджог. В огне погибали все члены общины.
Большая часть населения России восприняли никонианские реформы.
На Поместном Соборе Русской Православной Церкви 1971 года все дониконовские русские обряды, включая двоеперстное крестное знамение, были признаны «равночестными и равноспасительными».
Но старообрядцы всех толков и направлений не торопятся объединяться с православными христианами для создания единой Православной Церкви.